В 1940 году Джонуа прервал учение и ушел на войну. Во время Великой Отечественной войны 1941-1945 гг. писатель сражался в рядах регулярной Советской Армии, был в окружении.

Джонуа попал в плен, откуда бежал и провоевал до 1944 года в партизанском отряде на Украине.

Демобилизовавшись, Алексей Джонуа вернулся в Сухумский пединститут, который окончил в 1947 году.

Первый его сборник вышел в Абхазском издательстве в 1949 году, в 1953 году - второй сборник «Во имя родины». Третий сборник поэтических произведений Джонуа, называвшийся «Присяга» , был издан в 1956 году. В 1958 году вышел сборник избранных стихов Джонуа.

Алексей Джонуа с 1956 года был редактором литературного журнала «Алашара».

В 1966 - 1973 годах — министр просвещения Абхазской АССР. В 1973 - 1984 годах — начальник Архивного управления.

С 1986 года Алексей Джонуа - председатель правления Союза писателей Абхазии. За поэтический сборник «Кровь и любовь» Джонуа был удостоен Государственной премии им. Д. И. Гулиа.

Основные темы его творчества - трудовые будни простых людей, подвиг народа в Великой Отечественной войне, послевоенные преобразования в Абхазии.

Алексей Джонуа умер в 1989 году.