Бедийский собор был построен в 999 году абхазским царём Багратом IІI в честь Влахернской иконы Божией Матери, в нем же находится его усыпальница.

О Бедийском соборе летописи сообщают следующее: «Если кто-либо изъявит желание испытать и разуметь степень величия его, пусть в первую очередь узреет великолепие Бедийской церкви и по ней поймёт, что не было другого (подобного) царя в Картли и Абхазии».

В первой половине ХІ века, в правление царя Баграта ІѴ Куропалата в этом храме хранилась часть Пояса Пресвятой Богородицы, переданная в Абхазию в качестве приданного с племянницей византийского императора Романа ІІІ Аргира.